Annotations des génomes et génomique comparée

Vendredi 10 septembre

Avec l'avancée des techniques de séquençage et la réduction de leur coût, nous assistons à une explosion de génomes séquencés. Mais le séquençage en lui-même n'est qu'une première étape, l'annotation et la comparaison de ces génomes sont nécessaires pour une exploitation optimale de ces données.

Le but de cette journée satellite GTGC est de présenter des techniques utilisées pour l'annotation et la comparaison de génomes.

Programme :

• 9h00-9h20 Accueil (Hall d'honneur, SupAgro)
• 9h20-9h30 Introduction à la journée.
• 9h30-10h TriAnnot: un pipeline pour l'annotation du génome du blé tendre dans le cadre de l'International Wheat Genomic (Philippe Leroy, INRA, UMR GDEC)
• 10h-10h30 Projet GNPAnnot: système d'annotation communautaire de génomes de plantes, d'insectes et  dechampignons (Stéphanie Sidibé--Bocs, Cirad, UMR DAP)
• 10h30-11h Annotation de génomes d'insectes à VectorBase (Karyn Mégy, EBI, VectorBase/EnsemblGenomes)
• 11h-11h15 Pause café
• 11h15-11h45 Résolutions des problèmes d'annotations incomplètes de gènes et des reconstructions phylogénétiques fausses dans la reconstruction de l'ordre des gènes ancestraux (Mathieu Muffato, CNRS, UMR REG)
• 11h45-12h15 Annotation et génomique comparée bactérienne (Magali Lescot, CNRS, UPR IGS)
• 12h15-12h45 QOD: une nouvelle approche pour la génomique comparée et le transfert d'annotation (Alban Mancheron, CNRS, UMR LIRMM)
• 12h45-13h15 Méthodes de reconstruction de réseaux métaboliques et de contexte génomique: application à la recherche de gènes candidats pour les activités enzymatiques orphelines de séquence (A. Alexander T. SMITH, CEA, UMR GM)
• 13h15-14h30 Déjeuner
• 14h30-15h00 Détection de régions homologues au niveau génique et de duplications en tandem au niveau ADN par un algorithme de flot avec coût (Eric Audemard, INRA, UR875)
• 15h00-15h30 GreenPhylDB: génomique fonctionnelle et comparée chez les plantes (Mathieu Rouard, Bioversity, CfL)
• 15h30-16h30 Génomique comparative chez les plantes (Jérome Salse, INRA, UMR GDEC)
• 16h30 Clôture de la journée

Chairmen: Sèverine Bérard, Karyn Megy, Eric Tannier.

Inscription

L'inscription est gratuite mais en raison d'une capacité d'accueil limitée (50 personnes), il est impératif de s'inscrire.

Être inscrit à JOBIM pour participer à la réunion satellite "Annotation de Génome et Génomique Comparée" n'est pas obligatoire.

Pour vous inscrire à cette journée satellite, merci d'envoyer un e-mail à kmegy /at/ ebi.ac.uk (Karyn Mégy) en précisant:
  - vos nom et prénom(s),
  - votre adresse e-mail,
  - si vous comptez ou non participer a JOBIM.